Στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας υλοποιείται από το Σεπτέμβριο του 2010 το Πρόγραμμα ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ ΙΙ. Το Πρόγραμμα συγχρηματοδοτείται από την Ευρωπαϊκή Ένωση, το Ευρωπαϊκό Κοινωνικό Ταμείο και από Εθνικούς Πόρους και στοχεύει στην ενίσχυση του ανθρώπινου ερευνητικού δυναμικού μέσω της εκπόνησης διδακτορικής έρευνας. Στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας υποστηρίζονται με υποτροφίες συνολικά 56 διδακτορικές διατριβές στα πεδία των θετικών και θεωρητικών επιστημών.
Με σκοπό τη διάχυση των αποτελεσμάτων του Προγράμματος ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ ΙΙ στις τοπικές κοινωνίες της Θεσσαλίας διοργανώνεται Ημερίδα παρουσίασης της ερευνητικής θεματολογίας και της προόδου των διδακτορικών διατριβών οι οποίες εκπονούνται στην Πολυτεχνική Σχολή του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας.