Σημαντικό βήμα προς την κατεύθυνση της εξασφάλισης ικανής ποσότητας πόσιμου νερού αλλά και της λύσης του υδροδοτικού προβλήματος της Αλοννήσου, αποτελεί η μονάδα αφαλάτωσης