Στη φάση της ολοκλήρωσης βρίσκονται δύο μεγάλα έργα το ένα εκ των οποίων αφορά στην μεταφορά των λυμάτων από τον οικισμό του Πανόρμου, στον Βιολογικό του Νέου Κλήματος, το οποίο είναι προϋπολογισμού 1 εκ 60000 ευρώ. Το δεύτερο έργο αφορά στην αποπεράτωση του Βιολογικού Καθαρισμού του Νέου Κλίματος και είναι προϋπολογισμού 1 εκ. 45.000 ευρώ.
Στην παρούσα έχει ολοκληρωθεί το δίκτυο μεταφοράς λυμάτων και αναμένεται να τεθεί σε λειτουργία μόλις λειτουργήσει ο Βιολογικός του Νέου Κλήματος. Σύμφωνα με τις αρχικές προβλέψεις η έναρξη λειτουργίας του Βιολογικού του Νέου Κλήματος θα πραγματοποιηθεί έως το τέλος του χρόνου και παράλληλα σε δεύτερη φάση θα υλοποιηθούν ανάλογα έργα υποδομής και σε άλλες περιοχές του νησιού.
Ο Βιολογικός Καθαρισμός θα είναι τύπου ενεργού ιλύος παρατεταμένου αερισμού για 15.000 άτομα ισοδύναμου πληθυσμού με προοπτική για επέκταση τα επόμενα 40 χρόνια. Θα καλύπτει όλη την πόλη της Σκοπέλου αλλά και τον οικισμό του Σταφύλου. Τα λύματα θα οδηγούνται μακριά από το λιμάνι σε απόσταση 400 μ.
Να αναφερθεί εδώ πως το σύνολο του οικισμού της χώρα της Σκοπέλου καλύπτεται από αποχετευτικό δίκτυο. Μέχρι την δεκαετία του 80 τα λύματα οδηγούνταν ανεπεξέργαστα στο λιμάνι. Τώρα πλέον τα λύματα οδηγούνται με αγωγό 200 μ. έξω από το λιμάνι.
Στο υπόλοιπο νησί
Στη Γλώσσα το αποχετευτικό δίκτυο καλύπτει το 60% του οικισμού. Ο
υπόλοιπος οικισμός εξυπηρετείται από βόθρους, οι οποίοι όμως έχουν κορεστεί με συνέπεια την ύπαρξη κινδύνου της δημόσιας υγείας. Υπάρχει μελέτη στο αρχικό στάδιο για την κατασκευή μονάδας Βιολογικού Καθαρισμού.
Το Λουτράκιδεν διαθέτει καθόλου αποχετευτικό δίκτυο όπως και το Κλήμα, το οποίο όμως λόγω του μικρού αριθμού κατοίκων δεν αντιμετωπίζει κάποιο πρόβλημα.
Στο Στάφυλομικρό μέρος του οικισμού καλύπτεται από το αποχετευτικό δίκτυο της Σκοπέλου. Στον υπόλοιπο λειτουργούν βόθροι, ενώ ο Πάνορμος δεν διαθέτει αποχετευτικό δίκτυο. Υπάρχει μελέτη κατασκευής αποχετευτικού δικτύου και μεταφοράς των λυμάτων στο Έλιος.
Τέλος στον Αγνώνταυπάρχει επαρκές αποχετευτικό δίκτυο και μονάδα επεξεργασίας λυμάτων με βιοδίσκους δυναμικότητας 750 ατόμων, που υπερκαλύπτει τις ανάγκες του οικισμού. Η μονάδα έχει τοποθετηθεί στην προβλήτα του λιμανιού του Αγνώντα. Ο Βιολογικός λειτουργεί ομαλά.
