Με βάση έρευνα καθηγητών από τα πανεπιστήμια Θεσσαλίας, Ιωαννίνων και Θεσσαλονίκης, στη λίμνη Κάρλα υπάρχουν και αναπαράγονται τοξικοί παρασιτικοί μικροοργανισμοί που ευθύνονται για μαζικούς θανάτους ψαριών και πτηνών.
Οι τοξικοί μικροοργανισμοί έχουν εντοπιστεί παλιότερα και σε λίμνες των Ηνωμένων Πολιτειών και σημειώθηκε μαζικός θάνατος θαλασσίων ειδών στις ανατολικές ακτές.
Οι επιστήμονες αναφέρουν ότι αν αυξηθούν επικίνδυνα οι μικροοργανισμοί τότε υπάρχει κίνδυνος ακόμα και για αφανισμό των ειδών από τη λίμνη Κάρλα.
